제주항파두리 항몽유적은 13세기 말엽(1271~1273)원나라 침략에 맞서 끝까지 항거한 고려무인의 정서가 서린 삼별초군의 마지막 보루였던 곳이다.
일찍이 유럽과 아시아 대륙을 거의 정복한 원나라(몽고)는고려 18년(1231)부터 30년간 7차에 걸쳐 고려를 침략해왔다. 이에 고려 조정은 강남(강화도)를 임시왕도로 하여 그 국력의 수십배나 되는 강대한 침략군을 상대로 끝까지 고려를 지키고자 원종 11년(1270) 6월 군사를 규합하여 대몽항전을 결의하였다.
이 때 중심이 되었던 군사가 '삼별초군'이었다.이후 삼별초군은 남하하여 진도의 용장성을 근거지로 항전하였으나, 원나라 세력에 의해 원종 12년(1271) 진도가 함락되고 배중손 장군이 전사하게 되자 김통정 장군이 잔여부대를 이끌고 탐라(제주도)에 들어, 그들은 이 곳 항파두리에 토성을 쌓고 계속 항전하면서 기세를 올렸으나,결국 원종 14년(1273)1만2천여 명에 달하는 여ㆍ몽연합군의 총공격을 받아 항파두성이 함락되고 삼별초 군사들은 전원 순의하고 말았다